立献帝刘协。十一月，董卓自为相国，赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿。荀彧实在是看不下去了，便弃官归乡，回到家乡四处一看，又对父老说“颍川是四战之地，如果天下有变，那就会经常受到侵略，应该早离去，不能久留。”

但乡下人多是怀恋故土，不愿离去。时任冀州牧同郡韩馥派人接荀彧，却无人相随。荀彧只得独自将宗族迁至冀州避难。?到冀州后，冀州已为袁绍所得，袁绍见荀彧来，待之为上宾。

荀彧弟荀谌和同郡辛评、郭图都在袁绍手下，荀彧从这些人口中得到袁结的情况，稍加分析便认为袁绍不过是个绣花枕头，终不能成大事。荀谌对荀彧说“袁绍虽是四世三公，占了这大好的地方，却是狼子野心，其人又是绣花枕头一个，如何是好？”

荀彧泡来一杯茶，优哉游哉地答曰“纵观天下群雄，忠于汉室者已无几人矣。董卓为世人不耻，袁绍非是周公之才，袁术更是山中野兽，公孙瓒、孙坚、吕布之流皆为乱世之走狗，有勇无谋之匹夫。江南宁轩公子李文，实力虽强，可实乃世之怪物，不重天子而重小民，不重士大夫而事农商，也为士人之不齿也。吾弟休急，唯今之计，静观其变。”

初平二年（191）秋，以于毒、白绕、眭固等为首的黑山农民军进攻魏郡（今河北临漳西南）、东郡（今河南山阳郡西南）等地，东郡太守王肱不能抵挡。袁绍派当时正隶属于他的曹操引兵入东郡，借以发展自己势力。

曹操在山阳郡大破黑山军白绕部。袁绍表曹操为东郡太守，改治东武阳（今山东曹县一带）。次年春，曹操又在顿丘（今河南清丰西南）大破黑山军于毒部，在内黄（今河南内黄西北）大破黑山军眭固和正在东郡骚扰的匈奴于扶罗，平定东郡。曹操起兵以来苦无地盘，至此有了东郡这一立足之地。

话说曹操在“十八路诸侯讨董卓”这一阶段，却实是一位难得的热血青年，袁术等人共推渤海太守袁绍为盟主，曹操任代理奋武将军。董卓初战不利，被联军击败之后，逐烧毁洛阳宫室，裹挟汉献帝迁都长安。

战事初始阶段对于诸侯联军可以说极为有利的，然而在董卓退却之后，联军诸人却都吞并酸枣一带，无人敢向关西推进，只有曹操认为董卓“焚烧宫室，劫迁天子，海内震动”，应趁机与之决战。眼见无法劝动诸人，曹操只得独自引军西进，结果在荥阳汴水因兵力相差悬殊，曹操遭遇大败，士兵死伤大半，自己也被流矢所伤，仓皇逃得性命。

回到酸枣后，曹操又建议各路诸侯各守要地，再分兵西入武关，共同围剿董卓。而各路诸侯却各怀鬼胎，眼见董卓已经退走，都在伺机发展自己的实力，甚至相互之间发生火拼，联军已成瓦解之势。

这事一传到荀彧耳中，荀彧大喜，高兴得涕泪满面，三天睡不着觉。汉献帝其实是代表着门阀士族，荀彧是荀氏士族的老大，而曹操在“十八路诸侯讨董卓”之中表现出来的“舍生忘死、一心为公”，全力维护汉献帝这一幕，让荀彧认为曹操才是值得辅佐之明主，在他心中只有曹操才能担得起匡扶汉室的重任，而其他诸侯或许实力要强过后起的曹操，但均是不顾大局，只为一己私利之辈。

所以，荀彧离袁绍而投曹操。曹操见荀彧来投，大悦，说“这是我的子房啊！”于是任荀彧为别部司马，荀彧时年二十九岁。

当时董卓威凌天下，曹操问计于荀彧，荀彧说“董卓残暴已经超出常理，一定会因祸乱暴弊，不会有什么作为的。”后董卓派李傕等出关东，虏略各地，至颍川、陈留而归，荀彧乡人多数死于战乱。

荀彧很少随军出征，而是“居中持重”，曹操虽然在外征战，但军国之事都由荀彧调度筹划。曹操问荀彧“谁能代卿为我谋者？”荀彧说“荀攸（荀彧侄）、钟繇”。荀彧善于举荐人才，起初举荐了戏志才，戏志才死后又举荐