犯了多项禁令，自知犯了重罪，来到午门外，就跪下膝行前进，并一路叩头，祈求皇帝可以饶自己一命，但怒火中烧的朱元璋，根本不给其辩解的几乎，命令武士鞭打，有资料称，朱元璋亲自鞭打了数十下，然后换武士继续，朱亮祖就这样被活活打死，朱暹也被当场打死，后被剥皮，悬挂于闹市，以儆效尤，闽剧《洪武鞭侯》就来源于此，与朱亮祖勾结的恶霸们，也全被处死。

朱元璋感念朱亮祖战功，亲自为其写墓志，以侯礼下葬，洪武二十三年，已死去几年的朱亮祖被认定为胡惟庸逆党，次子朱昱连坐被处死。