王朱棣进入南京城，文武百官纷纷跪迎道旁，在群臣的拥戴下即皇帝位，是为明成祖。靖难诸将中，张玉和朱能最为重要，张玉在东昌战死，朱能成为第一功臣，论功封左军都督府左都督、成国公，兼太子太傅。

朱能南征行至广西时，朱棣对侍臣道：“朕夜观天象，西帅有忧，难道要应在朱能身上吗？”十几天后，朱能死讯传来，朱棣听说后非常痛苦，下令停止上朝五天，表示哀悼，并亲自撰写了祭文，下令葬于昌平州北泽山，后来又追封为东平郡王，谥武烈，并赠上三代均为王爵。仁宗继位，下令将朱能作为配祭人，立牌位于成祖的太庙中，享受后人的祭祀。

朱能为朱明王朝建立了卓越功勋，其子孙世袭成国公，共传九世十二代，最后一位成国公朱纯臣，被李自成所杀。