这些行为都没有扳倒沈一贯，反而使得神宗大怒，命将庞时雍、贺灿然连同刘元珍均贬三秩，降调至边远地区。御史侯庆远、李冉等人又挺身而出，申救他们，神宗不听，适逢御史周家栋直指时政弊端，因言语过于激烈，使得神宗迁怒于刘元珍等人，并将刘元珍等人除名削籍。虽然免去了钱梦皋等人职务，但沈一贯仍为内阁首辅，此次党争遂以沈一贯及其门人的全面获胜而告终。

南京吏部给事中陈良训、御史孙居相再次上疏弹劾沈一贯，自考察京官遭到弹劾后，沈一贯愤而请退。皇帝为了好的名声让沈一贯以首辅的资历荣归故里，沈鲤也同时被罢免，但只有沈一贯得到较为温和的旨意，时人普遍认为沈一贯非常得皇帝的喜爱。

沈一贯辞官回乡后，上书谏言的人仍然没有停止对他的议论，沈一贯家乡的人也大多受到世人的误解与诋毁。沈一贯在职的时候，官职累加至太子太保兼少师、吏部尚书、建极殿大学士，去世年七十九，赐太傅，谥号文恭。