随后陈有年称疾乞归，请求皇帝在自己卸职后，能起用顾宪成一类忠贤的官员。万历帝看到奏疏后，下谕旨再三挽留，并赐给食物、羊酒等，但陈有年归心已决，他在吏部杜门不出，数月中上请辞疏十四道，万历帝只好准予他告老还乡。《明史》“陈有年传”记载了陈有年辞官时仅随带“书一箧、衣一笥”，回乡后“身栖僧舍”等事，不禁令人称奇，整天敝冠汗衣，若不了解他的人，断然不会知道这就是曾经名振京城的尚书爷。

在云楼乡大江口坝上运河十八里，老弱的陈有年亲自督工，这里正在营建的是姚江运河大闸，这是由陈有年与同里周思宸等人出资创建的，当时仅运河坝基的椿石就打了半年，共耗铜钱百二十千缗，数年后，坝闸俱成。坝以过船，闸以蓄水，上保运河，下卫潮路。《光绪余姚县志》还记载：在云楼新坝之南，曾有“姚江西界第一桥”，为陈克宅初建，陈有年出资重修。从这些资料来看，我们就不难明白陈有年官俸的去处了，他毕竟是个官界的奇人。

陈有年卒，赠太子太保，谥恭介，留有《陈恭介公文集》。据《乾隆余姚县志》引《万历县志丛谈》记载：万历二十六年正月既望，在陈有年寝屋旁居住的一位堂倌，在半夜三更时，听到车马杂沓声，他起身从门缝向外偷窥，只见笼火隐隐，不下数十人马从骢马桥而来，上下桥址间呼声甚澈，到了鸡鸣前，又有车马声往返杂沓如初，堂倌不知是何路官人深夜过访，第二天早上走问乡邻，乡邻都说没有此事，后再打听，才知老尚书陈有年去世了。